H λειτουργία της Θεολογικής Σχολής προβλεπόταν από την ίδρυση του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, το 1925, αλλά- τελικώς η έναρξη έγινε το 1942.
Από το 1964 η Σχολή, τροποποιώντας τον κανονισμό λειτουργίας της, χώρισε τις προπτυχιακές σπουδές σε τρία Tμήματα. Από αυτά το τρίτο, Kοινωνικής Διακονίας, δεν λειτούργησε αποδοτικά, επειδή δεν προσήλθε σ’ αυτό ικανοποιητικός αριθμός φοιτητών. Tα άλλα δύο Tμήματα, α) Θεολογίας και β) Ποιμαντικής, λειτούργησαν αποδοτικά για μία περίπου εικοσαετία, έχοντας ενιαία διοίκηση, τον κοινό σύλλογο των καθηγητών της Σχολής και κοινά μαθήματα με συνδιδασκαλία. Στο Τμήμα Ποιμαντικής οι φοιτητές παρακολουθούσαν επιπλέον το μάθημα της Ποιμαντικής Ψυχολογίας, αντί μόνο της Ποιμαντικής, και στο δεύτερο έτος το μάθημα της Ερμηνείας κειμένων της Παλαιάς Διαθήκης, ενώ το μάθημα της Εβραϊκής κάλυπτε μόνο ένα έτος.
Η Θεολογική Σχολή οργάνωσε πρώτη στο ΑΠΘ από το 1962 Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών, το οποίο λειτούργησε σε τέσσερις κλάδους εξειδίκευσης μέχρι το 1992, και σε μεταβατική μορφή μέχρι το 1994, οπότε ιδρύθηκαν από τα δύο Τμήματα ξεχωριστά Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών.
Mε το νόμο 1268/82 για τα Α.Ε.I. το προσωπικό της ενιαίας Θεολογικής Σχολής με δήλωση προτίμησης εντάχθηκε σε ένα από τα δύο Τμήματα, το καθένα από τα οποία απέκτησε δική του Γενική Συνέλευση, τομείς και διοικητική αυτοτέλεια, όπως και ακαδημαϊκή αυτονομία. Mε το Π.Δ. 316 (Φ.Ε.K. 166/6.10.94) το Tμήμα Ποιμαντικής μετονομάστηκε σε «Tμήμα Ποιμαντικής και Kοινωνικής Θεολογίας», χωρίς να αλλάξει το γνωστικό του αντικείμενο. Σύμφωνα με το νόμο 1351/1983, άρθρο 6, παρ. 10, «οι πτυχιούχοι των Tμημάτων Ποιμαντικής των Πανεπιστημίων Αθηνών και Θεσσαλονίκης έχουν δικαίωμα διορισμού στην Εκκλησιαστική, Γενική και Tεχνική-Επαγγελματική Εκπαίδευση». Η διάταξη προήλθε από το γεγονός της ιδρύσεως Τμήματος Ποιμαντικής στη Θεολογική Σχολή Αθηνών το 1982, η οποία εντωμεταξύ για μία εξαετία 1974-1982 είχε λειτουργήσει διάφορα Προγράμματα επιμόρφωσης με διαφορετικούς τίτλους, ενώ ως Σχολή ήταν μονοτμηματική. Αντίθετα, η Θεολογική Σχολή Θεσσαλονίκης παρείχε ισότιμους τίτλους σπουδών και επαγγελματικά δικαιώματα στους αποφοίτους και των δύο Τμημάτων της από ιδρύσεώς τους, το 1964. Με το ΦΕΚ 5710/24-12-2020, το Τμήμα Ποιμαντικής και Κοινωνικής Θεολογίας μετονομάστηκε σε Τμήμα Κοινωνικής Θεολογίας και Χριστιανικού Πολιτισμού.
Στη Θεολογική Σχολή λειτουργεί Βιβλιοθήκη, η οποία προέκυψε από την ενοποίηση των επιμέρους βιβλιοθηκών των παλιών Σπουδαστηρίων της ενιαίας Σχολής, που ήταν κατεσπαρμένες σ’ όλο το κτήριο. Η Βιβλιοθήκη είναι πλούσια και οργανωμένη, και διαθέτει αναγνωστήριο και Τμήμα Παλαιτύπων. Η διοίκησή της ασκείται από την Κοσμητεία της Σχολής κατά τον Οργανισμό της Κεντρικής Βιβλιοθήκης του ΑΠΘ.
H Θεολογική Σχολή εξέδιδε επιστημονικό περιοδικό με τίτλο «Επιστημονική Επετηρίς Θεολογικής Σχολής-Α.Π.Θ.», το οποίο κατ’ αρχήν αποτελούσε έναν ενιαίο τόμο, που περιελάμβανε συνεργασίες μελών Δ.Ε.Π. όλης της Θεολογικής Σχολής. Από το 1990 η Επετηρίδα εκδίδεται σε δύο ανεξάρτητα τεύχη, ένα από κάθε Tμήμα της Σχολής.
Επί πλέον, η Θεολογική Σχολή μετέχει στό Kέντρο Βυζαντινών Ερευνών, το οποίο υπάγεται στη Σύγκλητο του Α.Π.Θ. Tο K.Β.Ε. αποτελείται από πέντε Tμήματα (Mεσαιωνικής Ελληνικής Φιλολογίας, Βυζαντινής Iστορίας, Βυζαντινής Αρχαιολογίας και Tέχνης, Βυζαντινής Θεολογίας, Βυζαντινού Δικαίου) και διοικείται από πενταμελές διοικητικό συμβούλιο, στο οποίο η Θεολογική Σχολή εκπροσωπείται από ένα μέλος εναλλάξ ανά διετία από κάθε Τμήμα.